"К сожалению, Следственный комитет не раскрыл вполне это зверское убийство. Не все исполнители находятся на скамье подсудимых. Мы думаем, что лица, находящиеся на скамье подсудимых, причастны к убийству", — сказала Михайлова, но позднее заявила о своей неуверенности в том, что СК РФ предоставил довольно доказательств причастности к убийству политика фигуранта Хамзата Бахаева.

В совещании 1 июня суд приступил к стадии прений сторон, в ходе которых прокурор Мария Семененко заявила о бесспорной причастности подсудимых к убийству Немцова и просила присяжных заседателей вынести в отношении них обвинительный приговор.

На скамье подсудимых предполагаемый исполнитель убийства Заур Дадаев, и Бахаев, который, по мнению следователей, снабжал сообщников информацией и должен был укрыть их после правонарушения, Темирлан Эскерханов, которому вменяется отслеживание маршрутов Немцова, и братья Анзор и Шадид Губашевы. Они обвиняются в совершении убийства по найму в составе организованной группы и незаконном приобретении, ношении, перевозке и хранении огнестрельного оружия.

По мнению следователей, в последних числах Сентября 2014 года Руслан Мухудинов и иные лица внесли предложение Беслану Шаванову, Дадаеву, Анзору и Шадиду Губашевым, Бахаеву и Эскерханову за финансовое вознаграждение в сумме не менее 15 миллионов рублей совершить убийство Немцова. Перечисленные лица дали согласие с предложенными условиями и, объединившись в организованную группу, начали планирование правонарушения.

По утверждению следствия, участники группы шепетильно подготавливались к совершению убийства: изучали образ жизни Немцова, места его проживания и нередкого нахождения, вели скрытое наблюдение за ним и, исходя из этого, выбирали метод и место нападения, нужное соответствующие оружие, транспорт, средства связи, определяли методы и маршруты отхода с места правонарушения.

Следствие считает, что приблизительно в 21 час 27 февраля 2015 года, когда Немцов на автомобиле направлялся к ГУМу, члены организованной группы проследовали за ним и продолжили слежку. После того, как Немцов со своей знакомой удалились из здания универмага и пошли в сторону дома, Шаванов и Губашев дали сигнал Дадаеву о наличии подходящих условий для совершения убийства потерпевшего и о маршруте его движения. Приблизительно в 23 часа 31 минуту Дадаев, следуя за Немцовым и его спутницей по пешеходной дорожке Громадного Москворецкого моста, из имевшегося у него оружия произвел не менее 6 выстрелов в Немцова. От полученных ранений он умер на месте.

Уголовное преследование Шаванова в ноябре 2015 года прекращено по нереабилитирующим основаниям в связи с его смертью при самоподрыве в ходе задержания в городе Суровом.

Расследование выделенного в отдельное производство дела в отношении клиента и организатора убийства Мухудинова, находящегося с ноября 2015 года в интернациональном розыске, а также в отношении иных неизвестных длится.